Amsterdam, 1640. Un homme est excommunié de la communauté juive portugaise pour avoir remis en question les Saintes Écritures. Le jeune Bento de Espinosa assiste à la scène et l'épisode fait germer en lui un doute. Et si tout ce qui est écrit dans la Bible était faux? Le soupçon va lancer Bento dans la plus grand quête intellectuelle qui soit. Qui a écrit les textes sacrés? Qui est vraiment Dieu? Qu'est-ce que la nature? Toutes ces questions sont extrêmement dangereuses et le jeune Spinoza va bientôt en payer le prix. Juifs et Chrétiens l'accusent d'hérésie et commencent à le persécuter...